Čeprav so redki že med samo terapijo, se manjši stranski učinki med izvajanjem akupunkture lahko pojavijo.
Tako se med izvajanjem akupunkture lahko pojavijo:

• Zaspanost med terapijo lahko vodi tudi v globok spanec, posebej pri kombinaciji akupunkture s toplotno (moksa) terapijo. Če bolnik zaspi kar na terapevtski mizi (postelji), je to najpogosteje sprostitev, ki nastopi pri vseh z veliko nakopičene napetosti (stresa) v telesu. To bi lahko imenovali torej pričakovani učinek in nakazuje globoko potrebo telesa po počitku.
• Vrtoglavica, blaga omotica ali slabost, lahko tudi občutek polnosti, morda celo evforija – nekateri od teh znakov se včasih pojavijo ob prvem stiku z akupunkturo, zlasti, če je bolnika strah iglic. Vsekakor so lahko tudi posledica lakote, prekomerne utrujenosti in izčrpanosti.
• Občutek težkih nog, redkeje rok se lahko pojavi po stimulaciji nekaterih (določenih) točk. To je možen stranski učinek akupunkture in izzveni, ko so igle odstranjene.
• Mravljinčenje in neprijetna senzacija na mestu vboda, čeprav je iglica že odstranjena. To se najpogosteje pojavi na točkah roke ali stopal (zelo pogosto v točki med palcem in kazalcem – LI4 ali Velika Vrata). Tak, neprijeten občutek, je lahko prisoten na mestu vboda, kadar se med akupunkturo sprostijo boleče točke (trigger ali t.i. »ah-shi« točke). Ta neprijeten občutek izgine znotraj 24 ur, čeprav se zgodi, da na velikih in pomembnih akupunkturnih točkah vztraja tudi do več dni. Večinoma akupunkturisti svoje stranke opozorimo na to možnost, še preden rezervirate prvi obisk.

Po terapiji se lahko pojavijo isti znaki, kakor so našteti zgoraj. Pomembno je, da po terapiji počivate, da se ne naprezate. Obvezno po terapiji popijte vsaj en kozarec vode (3 dcl).

V literaturi je navedeno, da lahko po terapiji nastopijo še nekatere druge spremembe: spremembe v apetitu (zlasti v programu hujšanja), v spanju in čustvenem stanju (umirjenost, zaspanost), pri odvajanju blata in vode. Nekateri od znakov so del pričakovanih sprememb v programu izvajanja akupunkture (hujšanje, odvajanje od kajenja, umirjanje prebave ipd.) in sodijo med zaželene dolgoročne spremembe. Utrujenost in nervoza se lahko pojavita v programih odvajanja in praviloma umirita v 24 – 48 urah – če se v tem času ne znaki ne umirijo, obvestite zdravnika-akupunkturista.
 
Modrice se pojavijo redkeje kot bolečnost in ostale neprijetne senzacije, a se vendarle lahko pojavijo na mestu vboda iglice. Včasih je modrica znak malega hematoma (lokalna kolekcija krvi), ki nastane ob vbodu akupunkturne iglice v točko, ko igla prebije kožo. Modrica je (žal) vidna in traja dlje od bolečnosti pri zabadanju igel v določeno točko. Praviloma izginejo v času 7 do 10 dni in ni potrebna posebna oskrba – so lahko le estetsko moteče. Ni povsem jasno, zakaj se pri nekaterih povsem zdravih ljudeh po akupunkturi pojavijo modrice in pri drugih ne. Pri vseh, ki imajo antikoagulanto terapijo, jih je pričakovati in zato te stranke predhodno prej opozorimo na možnost pogostejšega pojava modric po akupunkturi.

Pri odstranjevanju igel lahko akupunkturna točka na mestu vboda rahlo zakrvavi. Ta krvavitev je praviloma minimalna in naj ne bo razlog za strah! Enako kot pri modricah, se krvavitev lahko pojavi pri določeni osebi, ne glede na to, kakšne igle (debelina, proizvajalec, material) uporabljamo, tudi ni odvisno od tehnike vboda. Ta, drobna krvavitev se pri sicer zdravih osebah hitro ustavi.

Omedlevica se resnično pojavi zelo redko. Po akupunkturi se lahko pojavi omotica zaradi hitrega vstajanja iz ležečega položaja, zato naglico pri dvigovanju in postavljanju na noge odsvetujemo. Občasno se pojavi pri ljudeh, ki pridejo na akupunkturni postopek še tešči, s praznim želodcem. Resno priporočilo je, da je pred akupunkturo potrebno zaužiti vsaj nekaj hrane. Če ste kljub vsemu po akupunkturi omotični, sedite v čakalnici na stol in počasi ter globoko dihajte. Akupunktura je za vsakega posebna izkušnja, čustveno in fizično intenzivna, zato je prav, da telesu dovolimo nekaj več počitka. V resnici ni nič narobe in tudi dobro je, če telo potrebuje dodaten čas.
 
Drgetanje ene same mišice/skupine mišic se lahko pojavi med akupunkturo ali po njej. Lahko nastopi v mišici, kjer so nameščene akupunkturne igle, a tudi na mestu, ki je daleč proč od iglic. Drgetanje se po nekaj minutah umiri. Mišični krč, ki se pojavi takoj po tem, ko je bila vstavljena igla v akupunkturno točko, je nekaj povsem drugega in ni povezan z drgetom mišic. V primeru nastopa krča v mišici, je nujno, da akupunkturist, ki je iglice vstavil, težavo tudi odpravi.

Čustvena sprostitev je lahko že med terapijo povezana z jokom – jok se preprosto sproži, a ne zaradi bolečin, temveč zaradi sproščanja dolgotrajne čustvene napetosti, dalj časa potlačenih čustev. Praviloma je taka sprostitev pozitiven znak (a lahko marsikoga preseneti!). Še kak dan po terapiji je lahko prisotna čustvena napetost ali senzibilnost, nagnjenost k joku, kar je povsem normalno. To je tudi eden od znakov, da akupunktura deluje, zdravi. Posebej pri akupunkturi se nenehno prepleta zdravljenje na nivoju telesa in čustev, zato je ta čustveni premik v resnici napovednik prihajajočih sprememb na telesu v celoti.

Stranski učinki akupunkturne terapije največkrat sami pojenjajo, so iz terapije v terapijo manjši. V primeru, da eden ali več zgoraj navedenih stranskih učinkov vztraja zelo dolgo ali je pretirano moteč ali pa se pojavijo še dodatne negativne reakcije na akupunkturno terapijo, je nujno o tem obvestiti akupunkturista in se z njim pogovoriti, kako naprej.

Za akupunkturne terapije niso potrebna posebna oblačila, priporočljiva so udobna prostočasna oblačila. Oseba se za terapijo sezuje in sleče do spodnjega perila. Ležišče se pred terapijo pokrije s svežo papirnato brisačo – za enkratno uporabo. Po želji si lahko vsak prinese s seboj svojo rjuho, s katero je med terapijo pokrit.

Občutek zbodljaja pri akupunkturi v resnici ni podoben občutku ob prejeti injekciji, saj je glavni vir bolečine pri injekciji odvisen od premera igle, injekcijska igla je votla in zdravilo se s pritiskom vbrizga v tkivo in to povzroči bolečino. Akupunkturne igle so kot las tanke in fleksibilne. Praviloma jih izkušen zdravnik vstavi brez večjega neugodja za bolnika.

V rokah celostno usposobljenega akupunkturista, ki mora biti po naši zakonodaji tudi izšolan zdravnik, je varnost bolniku zagotovljena. Akupunkturne igle so sterilne in za enkratno uporabo.